全環境の RDS インスタンスで運用している MySQL に マイナーバージョン自動アップグレード を入れていた気がして、確認した記録です。（ちなみにこれを書いている現在、発熱で38度を超えており、本番が突如落ちる謎の悪夢を見て起きたゆえです……ううっ）

RDS のバージョンアップ時のダウンタイム

これは AWS 公式にも書いてあるとおり、 MultiAZ だろうとリードレプリカだろうとダウンタイムの発生から逃げることができません。

では、 ManagementConsole の RDS 管理画面から、該当インスタンスの設定を変更する マイナーバージョン自動アップグレード のチェックを外し適用した場合のダウンタイムはどうでしょう。

結論から言えば、（ RDS でダウンタイムが発生する）他の変更に関するキューがなければ、このチェックを外すだけでは、ダウンタイムは発生しません。

チェックを入れていてしまっている君、いますぐ外そう！メンテンナンスウィンドウの時間が、運用しているサービスのメンテナンス時間に設定されている場合は外さなくていいぞ！サービス設計のうまい人がいてよかったな！

すぐに適用

すぐに適用を選ぶと、メンテナンスウィンドウでマイナーアップデートが既にキューイングされていた場合、多分アップデートが走りきってから自動アップグレード OFF が適用されるはずです。

AWS の説明を信じるなら、事前に計画された RDS インスタンスへの変更キューがセットされている場合は、それらを消化してから実行、という解釈ができます。けど今何のキューがセットされてるかってどこから確認すんのかなあ。