terraform state rm ${リソース名} で消せる。

追記： これルートドメインを管理しようとしているけど、ルートドメインのホストゾーンは Terraform で管理しないほうが良いらしい (結果として管理やめたので救われた感 -var-file を指定してから terraform の各種第 2 引数にあたるコマンドを書くのだと思…